Прибывший в числе кораблей усиления авианосец «Илластриес» позволил командующему провести давно задуманный налет на главную базу итальянского флота. В Таранто стояли 6 линкоров и тяжелые крейсера. В ночь на 12 ноября 20 торпедоносцев с «Илластриеса» двумя волнами атаковали корабли в Таранто и потопили торпедами линкоры «Литторио», «Конти ди Кавур» и «Кайо Дуилио». Два первых потребовали длительного ремонта, а последний так в море и не выходил.
В конце ноября соединение «Н» и Средиземноморский флот обеспечивали переход быстроходного конвоя на Мальту и в Александрию. 27 ноября итальянские линейные корабли «Виторио Венето» и «Кайо Чезаре» сражались с кораблями Соммервилла, затем подошли корабли Каннингхэма. Итальянцам не удалось помешать конвою достичь цели. Они теряли все больше подводных лодок, от ударов морских и воздушных сил лишились 82 судов водоизмещением около 190 тысяч тонн. В итоге к концу 1940 года британский флот господствовал на Средиземном море.
Чтобы помочь союзнику, Гитлер приказал перевести на Сицилию 150 пикирующих бомбардировщиков для атаки британских кораблей, особенно в Александрии и проливах между Сицилией и Африкой. Это создало перелом в войне на Средиземном море. В январе 1941 года Каннингхэм вышел в море почти со всеми силами, чтобы встретить конвой из метрополии, а также доставить грузы на Мальту и вывести оттуда пустые транспорты. 10 января он встретил охранение конвоя в 100 милях западнее Мальты, после чего Соммервилл повернул к Гибралтару. В тот же день 40 германских бомбардировщиков атаковали Средиземноморский флот, потопили крейсер «Саутгемптон», повредили «Илластриес» и 14 транспортов. Конвой удалось провести, но прежнего господства у британского флота уже не было. Победы Нильской армии кончились, когда значительные силы были переброшены в Грецию, куда вторглись итальянские войска. В то же время Африканский корпус Роммеля, перевезенный в Африку, начал наступление против ослабленных британских сил. Германская авиация сосредоточила атаки на Мальте, начала постановку магнитных мин в Суэцком канале. Только под прикрытием плохой погоды Каннингхэм смог доставить на Мальту 2 транспорта, но оба были повреждены в гавани.
Весной 1941 года основной задачей флота стало прикрытие конвоев с войсками в Грецию. Узнав из данных авиаразведки о выходе крупных сил итальянского флота, Каннингхэм вечером 27 марта вышел из Александрии с 3 линкорами, авианосцем «Формидебл» и 9 эсминцами; вице-адмиралу Г.Д. Придхэм-Уиппелу он приказал к рассвету 28 марта сосредоточить 4 крейсера и 9 эсминцев южнее Крита. Утром вице-адмирал сообщил о появлении двух групп итальянских кораблей и отошел, прикрываясь дымовой завесой. Каннингхэм немедленно приказал атаковать противника авиацией, и в 11 часов 30 минут торпедоносцы с «Формидебла» безуспешно атаковали единственный линкор «Витторио Венето». Однако их действия заставили итальянского адмирала Иакино повернуть на северо-запад. Тем временем было обнаружено третье соединение, крейсеры которого были приняты за линейные корабли. Несмотря на превосходство противника, Каннингхэм через час, как только присоединились корабли Придхэм-Уиппела, перешел в преследование и выслал авианосные самолеты, чтобы понизить скорость неприятельских кораблей. Получивший торпедное попадание «Витторио Венето» снизил ход. Однако до темноты Каннингхэм не рассчитывал со своими тихоходными линкорами перехватить итальянцев. Он выслал легкие силы для поддержки контакта с противником; готовилась новая, третья атака торпедоносцев.
На закате 10 торпедоносцев атаковали неприятеля и попали в тяжелый крейсер «Пола», потерявший ход. Иоакино, не знавший о присутствии в море британских линкоров, в 20 часов 30 минут выслал на помощь поврежденному тяжелые крейсера «Фиуме», «Зара» и 4 эсминца. В то же время Каннингхэм отправил для ночной атаки все эсминцы. Вскоре он узнал об одиночной неподвижной цели («Пола»), которую принял за линкор, и пошел на сближение. Но когда с другого борта были обнаружены два больших корабля и один маленький, адмирал выстроил боевую линию против этого отряда и открыл огонь линейных кораблей. Не готовые к бою «Зара», «Фиуме» и 2 эсминца были потоплены; затем был найден и добит крейсер «Пола». Догнать поврежденный «Витторио Венето» не удалось, ибо приказ Каннингхэма «всем кораблям, не ведущим бой», отходить на северо-восток, по ошибке восприняли как сигнал общего отхода. На этом сражение у мыса Матапан завершилось.
Наступление Роммеля заставило британские войска уйти к границам Египта. Чтобы задержать противника, следовало перерезать его коммуникации в море. 16 апреля 4 британских эсминца с Мальты истребили итальянский конвой (3 эсминца, 5 торговых судов). Это подтвердило мнение Каннингхэма, что необходимо уничтожать суда в море. Однако Черчилль требовал изолировать Триполи и даже использовать линкор «Бархэм» в качестве брандера. Каннингхэм ограничился тем, что вывел в море весь флот и 21 апреля обстрелял Триполи, но особого ущерба не нанес (был потоплен один транспорт). Чтобы создать значительную угрозу неприятельским конвоям, англичане усилили оборонительное прикрытие Мальты, сосредоточили там легкий крейсер «Дидо» и 6 эсминцев для действий на коммуникациях. Успешно действовали подводные лодки, одна из которых 24 мая потопила лайнер «Конте Россо».
6 апреля 1941 года германские войска вторглись в Грецию. Уже через две недели эвакуация английских войск стала необходимостью. Из-за взрыва транспорта с боеприпасами в день вторжения был разрушен порт Пирей. Пришлось пользоваться малыми гаванями и только в темное время суток, чтобы избежать атак германской авиации. Для эвакуации Каннингхэм использовал все корабли, кроме соединения на Мальте. Удалось вывезти 51 тысячу человек.
После потери Греции в трудном положении оказался Крит. Каннингхэм готовился отразить попытку вторжения. Крейсера и эсминцы постоянно патрулировали севернее острова, для их поддержки в море находились тяжелые корабли. Однако господство германской авиации не позволяло использовать для доставки подкреплений бухту Суда. 20 мая после бомбардировки на Крит был высажен германский воздушный десант. Попытка высадить десант с моря не удалась, ибо 21—22 мая англичане истребили в море конвой с войсками. В ходе поддержки, а затем и эвакуации войск с Крита Средиземноморский флот понес крупные потери от ударов германской авиации. Уцелевшие корабли прибыли в Александрию, почти израсходовав боеприпасы и топливо. Вывезли 18 тысяч человек из 30. Многие корабли получили повреждения. Каннингхэм в донесении отмечал героические действия измученных экипажей и писал:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 181 182 183 184